در پي ارتحال حضرت آيت الله العظمي گلپايگاني، حضرت آيت‌الله خامنه‌اي رهبر معظم انقلاب اسلامي پيام تسليتي به اين شرح خطاب به حضرت آيت الله العظمي اراكي صادر كردند.
بسم الله‌الرحمن الرحيم
اناالله‌وانااليه راجعون
حضور مبارك آيت الله العظمي آقاي حاج شيخ محمدعلي اراكي دامت بركاته رحلت تأسف بار مرحوم آيت‌الله العظمي آقاي حاج سيدمحمدرضا گلپايگاني طاب ثراه كه از مراجع بزرگ اسلام و از مفاخر فقاهت اهل بيت عليهم السلام و از نمونه‌هاي برجسته تقوا و صيانت نفس بودند موجب تأسف و اندوه عميق گرديد. معظم وله از جمله‌ي فقهاي عاليمقامي بودند كه ثلمه فقدان ايشان براي عالم تشيع موجب ضايعه و خسارت فراوان گرديد. اينجانب اين مصيبت بزرگ را به جنابعالي تسليت مي‌گويم و سلامت و طول عمر با بركت شما را از درگاه خداوند متعال مسئلت مي‌نمايم.
25 جمادي الثاني 1414 ـ سيد علي خامنه‌اي
بسم الله‌الرحمن الرحيم
اناالله‌وانااليه راجعون
حضور مبارك آيت الله العظمي آقاي حاج شيخ محمدعلي اراكي دامت بركاته رحلت تأسف بار مرحوم آيت‌الله العظمي آقاي حاج سيدمحمدرضا گلپايگاني طاب ثراه كه از مراجع بزرگ اسلام و از مفاخر فقاهت اهل بيت عليهم السلام و از نمونه‌هاي برجسته تقوا و صيانت نفس بودند موجب تأسف و اندوه عميق گرديد. معظم وله از جمله‌ي فقهاي عاليمقامي بودند كه ثلمه فقدان ايشان براي عالم تشيع موجب ضايعه و خسارت فراوان گرديد. اينجانب اين مصيبت بزرگ را به جنابعالي تسليت مي‌گويم و سلامت و طول عمر با بركت شما را از درگاه خداوند متعال مسئلت مي‌نمايم.
25 جمادي الثاني 1414 ـ سيد علي خامنه‌اي