حضرت آیةالله خامنه ای رهبر معظم انقلاب اسلامی طی نامه ی مشروحی در مورد تحولات اخیر در مدیریت حوزه ی علمیه قم خطاب به حضرات آیات وحجج اسلام اعضاء جامعه مدرسین حوزه ی علمیه قم، ضمن تأیید انتخاب شورای سیاستگذاری برای مدیریت حوزه ی علمیه، تشکیل شورایی از علماء و مدرسین عالی مقام برای سیاستگذاری و جهت دهی به اداره ی حوزه ی علمیه را اقدامی بزرگ برای رساندن گنجینه ی عظیم حوزه به سطح شایسته ای از بهره دهی برای اسلام و مسلمین توصیف فرمودند و از مراجع معظم تقلید که با قبول و تأیید خود، پشتوانه ی معنوی و ارزشمند این اقدام بوده اند و از جامعه ی مدرسین حوزه که ابتکار عمل را در اینکار مهم بدست گرفتند، تشکر کردند.
متن نامه ی بسیار مهم حضرت آیةالله خامنه ای مقام معظم رهبری خطاب به اعضاء جامعه مدرسین حوزه علمیه قم به این شرح است:

بسمه تعالی
حضرات آیات و حجج اسلام اعضاء محترم جامعه ی مدرسین حوزه علمیه قم دامت برکاتهم
خدای عزیز و حکیم را سپاسگزارم که به یکی از آرزوهای بزرگ درباره ی حوزه های علمیه، جامه ی عمل پوشانید و در ظل عنایات حضرت ولی الله الاعظم روحی فداه، سرآغازی مبارک برای تحول دیرپایی که همواره نیکخواهان و روشن بینان جامعه ی روحانیت، آرزومندانه بدان چشم دوخته بودند، پدید آورد.
تشکیل شورائی از علماء‌ و مدرسین عالی مقام برای سیاستگذاری و جهت دهی به اداره ی حوزه ی علمیه، و تعیین مدیری از علمای برجسته و انقلابی و بصیر، مژده ی بزرگی است که بیان اهمیت آن در جملاتی کوتاه، میسر نیست. همین اندازه باید گفت که این اقدام، قادر است گنجینه ی عظیم حوزه را به سطح شایسته ئی از بهره دهی برای اسلام و مسلمین برساند که به تحقیق، چندین برابر بهره دهی کنونی آن است: « والبلد الطیب یخرج نباته باذن ربه »، شیرینی این اقدام، هنگامی به درستی چشیده میشود که تلخکامی ناشی از بهره گیری نشدن از همه ی ظرفیت این ذخیرهی الهی در عین نیاز مبرمی که به آن هست، به درستی حس شده باشد، و چه بسیار بزرگان و پیشگامان و دلسوزانی که در این تلخکامی، زندگی را وداع گفتند.
اینجانب ضمن تأیید انتخابی که برای شورای سیاستگذاری و نیز برای مدیریت حوزه انجام گرفته است وظیفه ی خود میدانم که از همه ی دست اندر کاران این حرکت جدید : از شورای محترم مدیریت سابق که با وجود و فعالیت خود، زمینه ی رسیدن به این نقطه ی تاریخی را فراهم کردند،‌از جامعه ی محترم مدرسین که ابتکار عمل را در اینکار مهم بدست گرفتند، و از مراجع معظم تقلید که با قبول و تأیید خود، پشتوانه ی معنوی ارزشمند آنرا تأمین فرمودند، صمیمانه تشکر کنم و اجر الهی را برای آنان مسئلت نمایم و به همه ی فضلای جوان و روشنفکر حوزه که همت بلند و دل گرم و پر امیدشان. آسانگیر سختیهای روزگار است، صمیمانه تبریک بگویم. اکنون با استفاده از این فرصت، تذکراتی را به حضرات دست اندر کار و به عموم روحانیون محترم حوزه ی علمیه قم به خصوص طلاب و فضلای جوان که دلی لبریز از امید و نیروئی سرشار از طراوت و آمادگی دارند، عرض میکنم:
1 - نخستین مطلب آن است که قدمهای بزرگ، ارزش و اهمیت وضرورت خود را از هدفهای بزرگی که حرکت، متوجه آنهاست کسب میکنند، و هر چه آن هدفها والاتر باشد آن قدم ها و اقدام ها با ارزشتر است و برای آن باید اهتمام و دلسوزی و مجاهدت بیشتری مبذول گردد. اکنون با این توجه که: هدف از نظم و کارآئی حوزه ی علمیه، گسترش هدایت الهی در همه جا و رساندن علم دین به آن سطحی است که قادر باشد همه ی گره های ذهنی و عملی بشر را در دنیای پییچیده ی امروز با سرانگشت گره گشای دین خدا باز کند، میتوان فهمید ارزش هر اقدامی که به افزایش کارآئی های حوزه بیانجامد چه اندازه است و در راه آن چه مجاهدت و تلاش پرحجم و با کیفیتی لازم است. امروز که راه برای این مجاهدت باز است، درنگ و کوتاهی از هیچکس پسندیده نیست.
2 - حوزه علمیه مشتمل بر میراث گرانبهائی از روش ها و تجربه ها و اندوخته های علمی است. برای بهره بردن از این تراث فنی و علمی و افزودن بر آن باید از نیروی ابتکار و خلاقیت، استفاده کرد و سلف صالح نیز با ابتکار و خلاقیت خود بود که توانستند دانش های دینی را به سطح کنونی برسانند . حوزه باید راه را بر نوآوری علمی و فنی فرزندان خود باز کنند و تازه های بازار رایج علم دین را به چشم تقدیر بنگرند و صاحبان آنرا تشویق کنند و در عین حال، تصرف ناشیانه و خودسرانه در بنیادهای سنتی را مجاز نشمرد و به اعمال نظرهای جاهلانه و مغرضانه،میدان رشد و جولان ندهد.
3 - همین سخن در باره ی سنت های ساختاری حوزه و شیوه های تعلیم و تعلم جاری است. بیشک در این مقوله نیز بسی اندوخته ای ارزشمند هست که مزایای نظام حوزه ئی به شما می آید در هر تحول ساختاری باید محفوظ بماند، ولی این سخن حق نباید مدعای حق دیگری را به فراموشی دهد، و آن اینکه حوزه برای پیشرفت خود باید از ابزارها و روشهای متداول در محیطهای علمی استفاده کند و خود را از امکاناتی که بشر را در کسب علم موفق تر میسازد محروم نسازد. در دنیائی که تازه های ابزاری و ساختاری به دانش پژوهان فرصت میدهد که تازه ترین دستاوردهای ذهن بشر را بسهولت کسب کنند، روا نیست که طالب علم دین، راهی به نوآوری در روشهای ناقص و معیوب نداشته باشد.
4 - شرط اساسی برای تحول سالم و تکامل بخش درحوزه، نظم و انضباط و برخورداری از مرکزی اندیشمند و با نفوذ و مطاع است. هرج و مرج و پیروی از سلیقه های مختلف و گاه متضاد، تنها زیانش محروم ماندن از حرکتی سالم و منطقی و پیشرونده نیست، بلکه زمینه پیدایش تحول های ناسالم و حرکت های غیر منطقی و خسارتبار نیز هست. امروز حوزه علمیه ما با وظیفه ی بزرگی که بر دوش دارد و با خسارتهائی که از درنگ در ترمیم و اصلاح به خودِ آن و نیز به مخاطبانش وارد خواهد آمد، ناهماهنگی و خود سری را بر نمی تابد، طلاب و فضلای جوان و نیزهمه ی عناصر مؤثر در مجموعه ی حوزه لازم است مدیریت جدید را پشتیبانی و یاری کنند و کار کنونی آنرا که برداشتن نخستین قدمهای جدی و عملی است شتاب بخشند.
5- از اینجا میرسیم به اینکه مدیر حوزه باید قادر بر انتخاب و ابتکار و شتاب لازم و کوتاه سخن، در دائره ی این مدیریت، مختار باشد و از اینجا است که باید یک تن و یک اراده باشد. شورای سیاستگذاری تدبیر کلی و خط مشی را به مدیر بسپارد و وی را با مسئولیت سنگین اداره یعنی برآمدن خواسته هائی که در تدبیر و خطی مشی کلی ملحوظ شده است، و در دایره ی همان تدبیر و خط مشی، مرید و مختار بداند. کار اجرائی و مدیریت اگر به ورطه ی شورا و خلط مسئولیتها بغلطد، حرکت ، کند یا متوقف خواهد شد. و مدیر محترم نیز باید با اعمال مدیریت صحیح و قوی، و انتخاب دستیاران صالح، و شناسائی کارهای اصلی و عمده، و مقدم داشتن آن بر کارهای جزئی و فرعی، و انجام هر کار بر طبق برنامه و محاسبه ی قبلی و دیگر شئون مدیریت، وظیفه ی عقب افتاده و بسیار مهمی را که بر عهده دارند به بهترین وجه ممکن ایفاء نمایند.
6 -حوزه علمیه در این دوران، جوهر حیات و رشد و بالندگی خود را مرهون انقلاب اسلامی و امام عظیم الشأن آن و مجاهدتهای ایثارگرانی است که به عشق دین خدا و به امید حاکمیت آن، جان و تن خود را به میدان فداکاری بردند« فمنهم من قضی نحبه و منهم من ینتظر»، سیاست سلطه گران جهانی این بوده و هست که مراکز دانش دین را منزوی، منفعل، بی روحیه، بی ابتکار، وابسته به خود و فارغ از آرمانهای بزرگ کنند. آنانرا به جدائی دین از سیاست، معتقد و از همگامی دین با تحولات شگرف جهانی مأیوس سازند. این ترفند نسبت به حوزه های علمیه، بکار رفته و تأثیراتی نیز کرده بود.انقلاب اسلامی که از حوزه و به رهبری برجسته ترین فرزندان و تربیت شدگانِ آن،سرکشید و امواج جهانی را در جهت عکس تدابیر و امیدهای استکبار، هدایت کرد، حوزه ی علمیه را نیز درخشش و جذابیت و اعتباری تازه داد و بذر امید و روشن بینی و عشق به حرکت را در آن کاشت.
خون پاک علماء و فضلاء و طلابی که در این راه جامه ی شهادت پوشیدند، به این نهال الهی رشد و رونقی بی سابقه بخشید و آن را تادورانهای طولانی بیمه کرد. اکنون حوزه باید حق عظیم انقلاب و امام و شهداء ونفوس طیبه ی ایثارگر را همواره به یاد داشته و ارزش های انقلاب را به مثابه ی راز تجدید حیات، در خود حفظ کند و به کسانی که جاهلانه یا مغرضانه میخواهند حوزه را به سمت هدفهای استکبار بکشانند، میدان ندهد.
7 - تشکیل نظام اسلامی که داعیه دار تحقق مقررات اسلامی در همه ی صحنه های زندگی است، وظیفه ئی استثنائی و بی سابقه بر دوش حوزه ی علمیه نهاده است، و آن تحقیق و تنقیح همه ی مباحث فقهی ئی است که تدوین مقررات اسلامی برای اداره ی هر یک از بدنه های نظام اسلامی بدان نیازمنداست. فقه اسلام آنگاه که اداره ی زندگی فرد و جامعه - با آن گستردگی و پیچیدگی وتنوع را - مطمح نظر میسازد مباحثی تازه و کیفیتی ویژه می یابد، و این همانطور که نظام اسلامی را از نظر مقررات و جهت گیری های مورد نیازش، غنی میسازد، حوزه ی فقاهت را نیز جامعیت و غنا میبخشد. روی آوردن به «فقه حکومتی» و استخراج احکام الهی در همه ی شئون یک حکومت، و نظر به همه ی احکام فقهی با نگرش حکومتی - یعنی ملاحظه ی تأثیر هر حکمی از احکام در تشکیل جامعه نمونه و حیات طیبه اسلامی - امروز یکی از واجبات اساسی در حوزه فقه اسلامی است که نظم علمی حوزه، امید برآمدن آن را زنده میدارد.
8 - ارتباط حوزه ی علمیه با نظام اسلامی در تدوین اصول اساسی و پایه های مقررات اسلامی خلاصه نمی شود، بلکه ربط این دو، در همه ی ابعاد، ربط منطقی و مبنّی بر تعاون است. نظام اسلامی، حوزه ی علمیه را همچون پشتوانه معنوی خود عزیز میدارد، و حوزه علمیه، نظام اسلامی را همچون فضای مناسبی برایرشد و تکامل خود مغتنم میشمرد. هر یک، کمک و پشتیبان آن دیگری است، این درک واحساس دوجانبه باید روز بروز قویتر و واقعی تر گردد. انگیزه هائی وجود دارد کهمیکوشد حوزه را نسبت به نظام اسلامی بی تفاوت یا بدبین سازد و متقابلاً نظاماسلامی را نسبت به حوزه بی اعتنا یا بیگانه بدارد. هم در حوزه و هم در محیطهایتصمیم گیریِ مسئولان نظام، باید با این انگیزه ها مقابله و در برابر آنها هشیارینشان داده شود. تشکیل جمهوری اسلامی بزرگترین آرزوی برآورده شده ی صالحان وبرجستگان علماء اسلام است. باید آن را قدر شناخت و در تکمیل و تصحیح و تقویت آن،نفس و نفیس را باید نثار کرد.
9 - فقه، محور تلاشِ علمیِ حوزه های علمیه بوده و همواره باید باشد و البته تطور شرایط زندگی بشری، مانند همیشه در استنباط احکام الهی تأثیراتی گذاشته و از این پس نیز خواهد گذاشت. با اینحال دو نکته لازم است مورد توجه کامل قرار گیرد: نخست آنکه دیگرِ علوم اسلامی مانند تفسیر و حدیث وفلسفه و کلام و رجال و غیرها باید مورد اهتمامی کامل و در متن اصلی برنامه های حوزه باشد و برای آنها مدارس تخصصی تشکیل گردد و این علوم که حوزه علمیه زادگاه و پرورشگاه آن است از مهد خود بیگانه نگشته و در آنها حوزه به بیرون از خود نیازمند نگردد.دیگر آنکه مجموعه ئی از علوم انسانی و غیره که دارای تأثیر در استنباط صحیح که از آن جمله تشخیص درستِ موضوعات است، مجهز گردد. بدیهی است که شناخت درست موضوع در تصحیح شناخت حکم الهی دارای تأثیری تمام است.
10 - مدیریت محترم در برابر خود مسائل و مشکلات فراوان و نیز حوادث پی در پی و متوقع ونا متوقع خواهد یافت که شایسته است در این میان نخستین مهم خود را تشخیص اولویتها و فوریت ها قرار دهد. برخی از این مسائل عبارت اند از: طبقه بندی مراحل تحصیلی طلاب در قم، تعیین رشته های اختصاصی و مواد درسی آن، تهیه کتب درسی مناسب و در صورت امکان تغییر در کتب درسی کنونی، تعیین مدارسی برای رشته های مختلف که طبق برنامه های درسی معین، اداره شوند، مدارس ویژه برای تربیت افرادی جهت اشتغال در مشاغل خاص یا متناسب با روحانیون، تعیین پایان نامه ها و شهادات مخصوص حوزه یعلمیه برای درجات مختلف علمی، شناسائی استعدادهای برجسته برای تحقیق یا تحصیل و تهیه امکانات برای پرورش آنها، رسیدگی به وضع معیشتی طلاب و تأمین ضروریات مشترک از قبیل مسکن و مَدرَس و بیمارستان و غیره، تدوین مقرراتی برای کیفیت زیست عمومی طلاب، فراهم آوردن حوزه های درس اخلاق و ترویج معنویت و سلوک روحانی و روحیه زهد و عفاف و ساده زیستی و امثال آن در حوزه، تأسیس واحدهای علمی با گرایشهای نو وابتکاری و کمک به هر آنچه از این قبیل در حوزه هست، تشکیل مدارس ویژه ی تربیتمبلغ و مدرس برای داخل و خارج کشور... و مسائل متعدد دیگری که هر یک اهتمام وتدبیر و برنامه ریزی و پیگیری ویژه ئی را می طلبد.
11 - احترام به ارزشهای انقلاب در حوزه علمیه اگرچه دارای مظاهر گوناگونی است، لیکن مظهر ابتدائی وآشکار آن عبارت است از تکریم طلاب و فضلای ایثارگر، جانبازان و آزادگان که یادگارهای جهاد ملت ایران و نمونه های فداکاری در راه هدفهای الهی، و سند افتخار حوزه ی علمیه در شرکت همه جانبه اش در آن جهاد بزرگ اند. بسی شایسته است که این عزیزان و همه ی طلاب رزمنده و جبهه ئی مورد رعایت قرار گیرند و فضیلت قرآنی مجاهدان در محیط درس قرآن، تحقق و تجسم یابد.
در پایان با دعا برای همه یخدمتگزاران علوم اسلامی و معارف اهل بیت علیهم السلام و آرزوی توفیق برای شما آقایان محترم و مدیریت جدید حوزه، همگان را به امید واثق به هدایت و کمک الهی دعوت میکنم و تفضلات الهی و توجهات حضرت ولی الله الاعظم ارواحنا فداه برای شما مسئلت مینمایم و امیدوارم که این اقدام به تدریج در سایر حوزه های علمیه ی بزرگ شیعه نیز آغاز گردد.
والسلام علیکم و رحمةالله
سیدعلی خامنه ای
19جمادی الاول1413
24/08/1371