در پي ارتحال تأسف بار حضرت آيةالله العظمي آقاي حاج سيد ابوالقاسم خويي، امروز از سوي حضرت آيةالله خامنه اي رهبر معظم انقلاب اسلامي پيامهاي تسليت جداگانه اي خطاب به حضرت آيةالله العظمي آقاي حاج سيد محمدرضا گلپايگاني و حضرت آيةالله العظمي آقاي حاج شيخ محمدعلي اراكي ارسال شد. متن پيام مقام معظم رهبري به اين شرح است:
بسم الله الرحمن الرحيم
رحلت تأسفبار مرحوم آيةالله العظمي آقاي حاج سيد ابوالقاسم خويي طاب ثراه كه از اساطين حوزه ي مقدسه نجف اشرف و از اركان فقاهت اسلام بودند، موجب تأسف و تأثر فراوان گرديد. ايشان در زمره ي برجستگاني بودند كه دهها سال در كرسي تدريس و در خلوت تأليف و تحقيق، به پيشرفت علوم اسلامي خدمات ارزنده اي كردند و يادگارهاي علمي گرانقدري از خود به يادگار گذاشتند.«جزاه الله عن الاسلام والمسلمين خير الجزاء». اينجانب اين ضايعه ي بزرگ را به جنابعالي تسليت ميگويم. خداوند وجود شريف را محفوظ و سلامت بدارد.
نهم صفرالمظفر1413 هجري قمري
سيدعلي خامنه اي
بسم الله الرحمن الرحيم
رحلت تأسفبار مرحوم آيةالله العظمي آقاي حاج سيد ابوالقاسم خويي طاب ثراه كه از اساطين حوزه ي مقدسه نجف اشرف و از اركان فقاهت اسلام بودند، موجب تأسف و تأثر فراوان گرديد. ايشان در زمره ي برجستگاني بودند كه دهها سال در كرسي تدريس و در خلوت تأليف و تحقيق، به پيشرفت علوم اسلامي خدمات ارزنده اي كردند و يادگارهاي علمي گرانقدري از خود به يادگار گذاشتند.«جزاه الله عن الاسلام والمسلمين خير الجزاء». اينجانب اين ضايعه ي بزرگ را به جنابعالي تسليت ميگويم. خداوند وجود شريف را محفوظ و سلامت بدارد.
نهم صفرالمظفر1413 هجري قمري
سيدعلي خامنه اي