در پي رحلت فقيه پرهيزگار مرحوم آيت‌الله آقاي حاج ميرزا علي‌آقاي فلسفي طاب ثراه حضرت آيت‌الله خامنه‌اي رهبر معظم انقلاب اسلامي پيام تسليتي صادر فرمودند. متن اين پيام به اين شرح است:
بسم‌الله الرحمن‌الرحيم
رحلت فقيه پرهيزگار مرحوم مغفور آيت‌الله آقاي حاج ميرزا علي آقاي فلسفي طاب ثراه را به علماء اعلام و فضلاء و طلاب حوزه‌ي علميه و همه‌ي مردم مؤمن و وفادار مشهد مقدس به خصوص به خانواده‌ي معزّز و فرزندان مكرّم و ديگر بازماندگان و ارادتمندان آن عالم گرانقدر تسليت عرض مي‌كنم و درجات عاليه‌ي اخروي و پاداش خدمات علمي و ديني ايشان در نزد خداوند متعال را مسألت مينمايم.
سيدعلي خامنه‌اي
22/بهمن/1384
بسم‌الله الرحمن‌الرحيم
رحلت فقيه پرهيزگار مرحوم مغفور آيت‌الله آقاي حاج ميرزا علي آقاي فلسفي طاب ثراه را به علماء اعلام و فضلاء و طلاب حوزه‌ي علميه و همه‌ي مردم مؤمن و وفادار مشهد مقدس به خصوص به خانواده‌ي معزّز و فرزندان مكرّم و ديگر بازماندگان و ارادتمندان آن عالم گرانقدر تسليت عرض مي‌كنم و درجات عاليه‌ي اخروي و پاداش خدمات علمي و ديني ايشان در نزد خداوند متعال را مسألت مينمايم.
سيدعلي خامنه‌اي
22/بهمن/1384