حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در پیامی درگذشت عالم ربانی، فقیه و حکیم مجاهد، آیةالله مصباح یزدی را تسلیت گفتند.
متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم الله الرّحمن الرّحیم
با تأسف و تأثر فراوان خبر درگذشت عالم ربانی، فقیه و حکیم مجاهد، آیةالله آقای حاج شیخ محمدتقی مصباح یزدی را دریافت کردم. این، خسارتی برای حوزه‌ی علمیه و حوزه‌ی معارف اسلامی است. ایشان متفکری برجسته، مدیری شایسته، دارای زبان گویائی در اظهار حق و پای با استقامتی در صراط مستقیم بودند. خدمات ایشان در تولید اندیشه‌ی دینی و نگارش کتب راه‌گشا، و در تربیت شاگردان ممتاز و اثرگذار، و در حضور انقلابی در همه‌ی میدانهائی که احساس نیاز به حضور ایشان میشد، حقاً و انصافاً کم‌نظیر است. پارسائی و پرهیزگاری خصلت همیشگی ایشان از دوران جوانی تا آخر عمر بود و توفیق سلوک در طریق معرفت توحیدی، پاداش بزرگ الهی به این مجاهدت بلندمدت است.
اینجانب که خود سوگوار این برادر قدیمی و عزیز میباشم، به خاندان گرامی و فرزندان عالم و صالح و دیگر بازماندگان ایشان و نیز به شاگردان و ارادتمندان این معلّم بزرگ و به حوزه‌ی علمیه تسلیت عرض میکنم و علوّ درجات ایشان و مغفرت و رحمت الهی را برای ایشان مسألت مینمایم.
سیّدعلی خامنه‌ای
13 دی 1399
رهبر انقلاب اسلامی همچنین سحرگاه امروز (شنبه) با حضور در کنار پیکر مرحوم آیت الله مصباح یزدی، با ایشان وداع کردند و بر پیکر آن فقیه و حکیم مجاهد نماز خواندند.