در نامه جمعي از دانش‌آموختگان و پژوهشگران حوزه علميه به محضر رهبر انقلاب، با اشاره به سخنان امام راحل عظيم‌الشأن و تأكيدات اخير مقام معظم رهبري در مورد تحول نظاممند در حوزه اجتهاد ديني و نوانديشي علمي و نيز آزادانديشي توأم با اخلاق، آمده است اگر چه در 24 سال اخير پيشرفتهاي مهمي در حوزه و دانشگاه صورت گرفته اما اين تحولات كافي نبوده و تنها راه برداشتن موانع از سر راه نظام‌سازي و جامعه‌پردازي، ارتقاي كميت و كيفيت توليد فكر و علم در حوزه و دانشگاه است. در اين نامه، سالم‌سازي گفتگوها و تضمين بقاي فضاي سالم، متعادل و علمي براي بحث و گفتگو، زمينه‌ساز توليد علم و نظريه و ايجاد نهضت نرم‌افزاري توصيف شده و آمده است تنها در اين فضاست كه تفاوت اصول‌گرايي با تحجر و نوانديشي با بدعت‌گذاري روشن خواهد گشت و با نهادينه شدن آزاديهاي فراهم آمده در جمهوري اسلامي و حمايت حكومت از فرهنگ مناظره و اجتهاد و توليد نظريه، جامعه بالنده‌تر و حركت ديني پيشروتر خواهد شد.
جمعي از فضلاي حوزه علميه در اين نامه همچنين پيشنهاد كرده‌اند با يك بسيج عمومي و حمايت «تصميم‌گيران فرهنگي و متصديان حوزه و دانشگاه» كرسي‌هاي آزاد علمي با حضور هيأتهاي منصفه علمي و تخصصي تشكيل شود تا با طرح منطقي ايده‌ها، ترويج نظريه‌پردازي و نوآوري روشمند، برگزاري مناظره‌هاي علمي و نتيجه بخش و نيز نهادسازي براي پاسخ به پرسشهاي جديد، جنبش توليد نرم‌افزار ديني و علمي، كرسي‌هاي آزاد علمي با حضور هيأتهاي منصفه علمي و تخصصي در دانشگاه و حوزه ايجاد شود.
حضرت آيت‌الله خامنه‌اي ضمن موافقت با اين پيشنهاد، آزاديخواهي و «بيان انديشه توأم با ادب استفاده از آزادي» را يك مطالبه اسلامي برشمرده و افزوده‌اند: نبايد از آزادي ترسيد و از مناظره گريخت و نقد و انتقاد را به كالاي قاچاق و يا امري تشريفاتي تبديل كرد، چنانچه نبايد به جاي مناظره به جدال گرفتار آمد و به جاي آزادي به دام هتاكي و مسئوليت‌گريزي لغزيد.
رهبر معظم انقلاب اسلامي آزادي «تفكر، قلم و بيان» را از اهداف اصلي انقلاب اسلامي برشمرده و افزوده‌اند: تنها قيد آزادي بيان، «منطق و اخلاق و حقوق معنوي و مادي ديگران» است و انقلاب اسلامي آمده است تا اين آزادي را به فرهنگ اجتماعي و حكومتي تبديل كند.
حضرت آيت‌الله خامنه‌اي با برشمردن آثار منفي تلاش عده‌اي سياست‌زده يا سياست‌زدا براي تبديل فضاي فرهنگي كشور به سكوت مرداب گونه يا تلاطم گرداب‌وار، اين حركات را زمينه‌ساز خستگي و انزواي خردمندان و صاحبدلان و انفعال و عقب‌گرد جامعه و حكومت خوانده‌اند و افزوده‌اند: براي علاج بيماري‌ها و هتاكي‌ها و مهار هرج و مرج فرهنگي بهترين راه حمايت از آزادي بيان در چارچوب قانون و توليد نظريه در چارچوب اسلام است و بدون فضاي انتقادي سالم و بدون آزادي بيان و گفتگوي آزاد، آن هم با «حمايت حكومت اسلامي» و «هدايت علما و صاحبنظران»، توليد علم و انديشه ديني و در نتيجه تمدن‌سازي و جامعه‌پردازي ناممكن يا بسيار مشكل خواهد بود.
ايشان سه روش پيشنهادي مطرح شده در نامه جمعي از دانش‌آموختگان و پژوهشگران حوزه علميه در مورد تشكيل كرسي‌هاي «نظريه‌پردازي، پاسخ به سؤالات و شبهات و نقد و مناظره» را، علمي و معقول ارزيابي كرده و افزوده‌اند: ايده «توليد نظريه و فكر» نبايد به برخي قلمروهاي فكر ديني يا علوم انساني و اجتماعي محدود بماند بلكه بايد كليه علوم و رشته‌هاي نظري و عملي حتي علوم پايه و كاربردي را در برگيرد.
حضرت آيت‌الله خامنه‌اي با اشاره به حمايت هميشگي ايشان از چنين طرحهايي، از شوراي مديريت حوزه علميه قم خواسته‌اند تا با اطلاع و مساعدت مراجع بزرگوار و محترم و با همكاري و مشاركت استادان و محققان برجسته حوزوي فرصت اجراي اين طرح را، فراهم آورد. ايشان از شوراي انقلاب فرهنگي و بويژه رياست اين شورا نيز خواسته‌اند كه اين ايده را در اولويت دستور كار خود قرار دهند تا زمينه رشد كليه علوم دانشگاهي و آغاز «دوران خلاقيت و توليد» فراهم شود.
رهبر معظم انقلاب اسلامي ابراز اميدواري كرده‌اند مراحل اجراي اين ايده، دچار فرسايش اداري نشود و تا پيش از بيست و پنجمين سالگرد انقلاب، نخستين ثمرات مهم آن آشكار شده باشد.
جمعي از فضلاي حوزه علميه در اين نامه همچنين پيشنهاد كرده‌اند با يك بسيج عمومي و حمايت «تصميم‌گيران فرهنگي و متصديان حوزه و دانشگاه» كرسي‌هاي آزاد علمي با حضور هيأتهاي منصفه علمي و تخصصي تشكيل شود تا با طرح منطقي ايده‌ها، ترويج نظريه‌پردازي و نوآوري روشمند، برگزاري مناظره‌هاي علمي و نتيجه بخش و نيز نهادسازي براي پاسخ به پرسشهاي جديد، جنبش توليد نرم‌افزار ديني و علمي، كرسي‌هاي آزاد علمي با حضور هيأتهاي منصفه علمي و تخصصي در دانشگاه و حوزه ايجاد شود.
حضرت آيت‌الله خامنه‌اي ضمن موافقت با اين پيشنهاد، آزاديخواهي و «بيان انديشه توأم با ادب استفاده از آزادي» را يك مطالبه اسلامي برشمرده و افزوده‌اند: نبايد از آزادي ترسيد و از مناظره گريخت و نقد و انتقاد را به كالاي قاچاق و يا امري تشريفاتي تبديل كرد، چنانچه نبايد به جاي مناظره به جدال گرفتار آمد و به جاي آزادي به دام هتاكي و مسئوليت‌گريزي لغزيد.
رهبر معظم انقلاب اسلامي آزادي «تفكر، قلم و بيان» را از اهداف اصلي انقلاب اسلامي برشمرده و افزوده‌اند: تنها قيد آزادي بيان، «منطق و اخلاق و حقوق معنوي و مادي ديگران» است و انقلاب اسلامي آمده است تا اين آزادي را به فرهنگ اجتماعي و حكومتي تبديل كند.
حضرت آيت‌الله خامنه‌اي با برشمردن آثار منفي تلاش عده‌اي سياست‌زده يا سياست‌زدا براي تبديل فضاي فرهنگي كشور به سكوت مرداب گونه يا تلاطم گرداب‌وار، اين حركات را زمينه‌ساز خستگي و انزواي خردمندان و صاحبدلان و انفعال و عقب‌گرد جامعه و حكومت خوانده‌اند و افزوده‌اند: براي علاج بيماري‌ها و هتاكي‌ها و مهار هرج و مرج فرهنگي بهترين راه حمايت از آزادي بيان در چارچوب قانون و توليد نظريه در چارچوب اسلام است و بدون فضاي انتقادي سالم و بدون آزادي بيان و گفتگوي آزاد، آن هم با «حمايت حكومت اسلامي» و «هدايت علما و صاحبنظران»، توليد علم و انديشه ديني و در نتيجه تمدن‌سازي و جامعه‌پردازي ناممكن يا بسيار مشكل خواهد بود.
ايشان سه روش پيشنهادي مطرح شده در نامه جمعي از دانش‌آموختگان و پژوهشگران حوزه علميه در مورد تشكيل كرسي‌هاي «نظريه‌پردازي، پاسخ به سؤالات و شبهات و نقد و مناظره» را، علمي و معقول ارزيابي كرده و افزوده‌اند: ايده «توليد نظريه و فكر» نبايد به برخي قلمروهاي فكر ديني يا علوم انساني و اجتماعي محدود بماند بلكه بايد كليه علوم و رشته‌هاي نظري و عملي حتي علوم پايه و كاربردي را در برگيرد.
حضرت آيت‌الله خامنه‌اي با اشاره به حمايت هميشگي ايشان از چنين طرحهايي، از شوراي مديريت حوزه علميه قم خواسته‌اند تا با اطلاع و مساعدت مراجع بزرگوار و محترم و با همكاري و مشاركت استادان و محققان برجسته حوزوي فرصت اجراي اين طرح را، فراهم آورد. ايشان از شوراي انقلاب فرهنگي و بويژه رياست اين شورا نيز خواسته‌اند كه اين ايده را در اولويت دستور كار خود قرار دهند تا زمينه رشد كليه علوم دانشگاهي و آغاز «دوران خلاقيت و توليد» فراهم شود.
رهبر معظم انقلاب اسلامي ابراز اميدواري كرده‌اند مراحل اجراي اين ايده، دچار فرسايش اداري نشود و تا پيش از بيست و پنجمين سالگرد انقلاب، نخستين ثمرات مهم آن آشكار شده باشد.