حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در پیامی رحلت فقیه ربانی آیت‌الله سیدمحمد حسینی شاهرودی را تسلیت گفتند.
متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
رحلت فقیه ربانی آیت‌الله آقای حاج سیّد محمّد شاهرودی را که از فقهای برجسته‌ی حوزه‌ی علمیه نجف و در سالهای پس از انقلاب ساکن قم بودند، به حوزه‌های قم و نجف و به عموم ارادتمندان و شاگردان آن مرحوم و بخصوص به آقازادگان و بازماندگان ایشان و وابستگان به بیت شریفِ والد ایشان مرحوم آیت‌الله العظمی شاهرودی از مراجع دوره‌ی قبل در نجف، تسلیت عرض میکنم و علو درجات و رحمت و مغفرت الهی را برای آن مرحوم مسألت مینمایم.
سیّدعلی خامنه‌ای
18 تیر 98
گفتنی است در پی رحلت فقیه ربانی مرحوم آیت‌الله سیدمحمد حسینی شاهرودی، مراسم بزرگداشتی از سوی حضرت آیت الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی امشب (سه شنبه شب) 18 تیرماه 1398 بعد از نماز مغرب و عشاء در مسجد اعظم قم برگزار خواهد شد.