در پي‌ درگذشت‌ مرحوم‌ آيه‌الله‌ آقاي‌ سيدمحمد تقي‌ حكيم‌، رهبر معظم‌ انقلاب‌ اسلامي‌ پيام‌ تسليتي‌ خطاب‌ به‌ آيه‌الله‌ آقاي‌ حاج‌ سيدمحمد باقر حكيم‌ صادر فرمودند.
متن‌ پيام‌ به‌ اين‌ شرح‌ است‌:

بسم‌ الله‌ الرحمن‌ الرحيم‌
آيه‌الله‌ آقاي‌ حاج‌ سيدمحمد باقر حكيم‌ دامت‌بركاته‌
خبر درگذشت‌ مرحوم‌ آيه‌الله‌ آقاي‌ سيدمحمد تقي‌ حكيم‌ كه‌ از چهره‌هاي‌ شاخص‌ و فعال‌ علمي‌ در حوزه‌ي‌ مباركه‌ نجف‌ اشرف‌ بودند موجب‌ تأثر گرديد. خاندان‌ مرحوم‌ آيه‌الله‌ العظمي‌ آقاي‌ حكيم‌ اعلي‌الله‌ مقامه‌ در قضاياي‌ علمي‌ و سياسي‌ و اجتماعي‌ آن‌ حوزه‌ي‌ مباركه‌ محنت‌ها و آزمايشهاي‌ بزرگي‌ را شاهد بوده‌ و همواره‌ در قضاياي‌ ملت‌ مظلوم‌ عراق‌ سهمي‌ وافر ادا كرده‌اند.
اينجانب‌ در گذشت‌ آن‌ عالم‌ بزرگوار و خدوم‌ را به‌ جنابعالي‌ و ديگر اعلام‌ بزرگوار بيت‌ حكيم‌ تسليت‌ عرض‌ مي‌كنم‌ و علو درجات‌ آن‌ مرحوم‌ را از خداوند متعال‌ مسئلت‌ مي‌نمايم‌. تسليت‌ اينجانب‌ را به‌ بازماندگان‌ آن‌ مرحوم‌ و ديگر اعلام‌ بيت‌ شريف‌ حكيم‌ ابلاغ‌ فرمايند.
والسلام‌ عليكم‌ و رحمه‌ الله‌
سيدعلي‌ خامنه‌اي‌
26/03/1381