در پي موانع و مشكلات به وجود آمده در بررسي صندوقهاي رأي‌گيري حوزه انتخابيه تهران، آيت‌الله جنتي دبير شوراي نگهبان طي نامه‌اي به محضر حضرت آيت‌الله خامنه‌اي رهبر معظم انقلاب اسلامي، ضمن برشمردن پاره‌اي از اشكالات خواستار راهنمايي معظم‌له شد.
متن نامه آيت‌الله جنتي بدين شرح است:
محضر مبارك مقام معظم رهبري حضرت آيت‌الله خامنه‌اي (مد ظله العالي)
با سلام
احتراما همان طور كه مستحضرند پس از بررسي 528 صندوق توسط هيأت اجرايي و هيأت نظارت در او آخر سال 1378 پرونده انتخابات حوزه انتخابيه تهران در او آخر اسفند 1378 به شوراي نگهبان ارسال شد، در اين پرونده شكايت چند تن از داوطلبان نمايندگي وجود داشت كه مطابق قانون، شوراي نگهبان بايد به آنها رسيدگي مي‌كرد. شوراي نگهبان به منظور رسيدگي به شكايات ياد شده و همچنين رفع و دفع برخي از شبهات علاوه بر موارد شكايت تعداد ديگري از صندوقها را مورد بررسي قرار داد و مجموعا 867 صندوق مورد بازشماري قرار گرفت و متأسفانه با برخي از اشكالات و تخلفات شكلي و ماهوي برخورد شد از جمله:
ـ مغايرت تعداد تعرفه‌ها و برگهاي رأي.
ـ وجود آرايي كه داراي مهر نظارت نيستند.
ـ آراء با دو خط.
ـ مغايرت تعداد آراء فرم داخل صندوق با بازشماري مجدد.
ـ فقدان فرم كه بايد داخل صندوق باشد.
ـ پارگي لفاف صندوقها.
ـ نبودن لاك و مهر بر روي برخي از صندوقها.
ـ تخلفات ديگر...
در اين شرايط، شوراي نگهبان در برابر اين امر دشوار قرار گرفته است كه چنانچه بخواهد به همين ترتيب بازشماري را ادامه دهد با توجه به تجربه بازشماري تا اين مرحله: با توجه به موانع و مشكلات ناشي از بررسيهاي صندوقها و طول مدت بازشماري تا اين مرحله بازشماري كامل به مدت طولاني ديگري نياز داد كه شايد در شرايط كنوني امكان اقدام به آن وجود نداشته باشد و علاوه بر اين به مصلحت مردم و مجلس نيز نمي‌باشد و با توجه به نتايج كنوني، شوراي نگهبان نمي‌تواند صحت انتخابات را تأييد نمايد.
با عنايت به آنچه گذشت شوراي نگهبان مصلحت ديد كه موضوع و مسايل مربوط به آن را به استحضار حضرتعالي برساند و از آن مقام معظم تقاضاي راهنمايي كند.
شرح و تفصيل تخلفات مزبور در ضمائم پيوست تقديم مي‌شود.
دبير شوراي نگهبان
احمد جنتي
پاسخ مقام معظم رهبري به نامه آيت‌الله جنتي نيز به اين شرح است
بسم الله الرحمن الرحيم
حضرات اعضاي محترم شوراي نگهبان (دامت توفيقاتهم)
با سلام و تحيت در پاسخ به نامه‌ي آقايان محترم در مورد انتخابات تهران، ابتدائا لازم مي‌دانم از تلاش مسؤولانه‌ي آن شورا در پاسداري از آراء انتخاباتي ملت شريف ايران از دقتي كه در عمل به وظيفه‌ي بزرگ امانتداري، به كار برده‌ايد صميمانه تشكر كنم. بي‌شك خدمات مرارت‌بار و پررنجي از اين قبيل، پاسخ شايسته‌ي مسؤولان به اين ملت بزرگ و وظيفه شناس و لازمه‌ي شكرگزاري نعمت نظام اسلامي در برابر خداوند متعال است.
اينجانب پس از قدرداني و تشكر از تلاشهاي آقايان محترم و ديگر دست‌اندركاران انتخابات، نكات زير را اعلام مي‌دارم: 1 ـ صندوقهايي كه مخدوش بودن آن از نظر شوراي نگهبان به اثبات رسيده است و با معيارهاي آن شورا قابل تأييد نيست بايد ابطال گردد.
2 ـ به نظر مي‌رسد كه بازشماري بقيه صندوقها كه طبق آنچه در نامه‌ي خود مرقوم داشته‌ايد جز در مدتي طولاني ناممكن و بر خلاف مصلحت است، وظيفه‌اي شرعي و قانوني را متوجه آن شورا نمي‌سازد زيرا وجود تخلف در آنها محرز نيست.
3 ـ وضعيت منتخبان تهران با توجه به كليه صندوقها بجز آنچه دربند 1 آمده است ملاحظه و نتايج آن به عنوان نتايج قطعي انتخابات تهران اعلام شود.
4 ـ دستگاه قضايي و بازرسي موظفند عاملان تخلف در صندوقهاي مخدوش را شناسايي و تحت تعقيب قانوني قرار دهند
در پايان از خداوند متعال توفيق و كمك به آقايان محترم و همه‌ي خدمتگزاران به كشور و نظام مقدس اسلامي را مسألت مي‌كنم
سيد علي خامنه‌اي
29/2/79
متن نامه آيت‌الله جنتي بدين شرح است:
محضر مبارك مقام معظم رهبري حضرت آيت‌الله خامنه‌اي (مد ظله العالي)
با سلام
احتراما همان طور كه مستحضرند پس از بررسي 528 صندوق توسط هيأت اجرايي و هيأت نظارت در او آخر سال 1378 پرونده انتخابات حوزه انتخابيه تهران در او آخر اسفند 1378 به شوراي نگهبان ارسال شد، در اين پرونده شكايت چند تن از داوطلبان نمايندگي وجود داشت كه مطابق قانون، شوراي نگهبان بايد به آنها رسيدگي مي‌كرد. شوراي نگهبان به منظور رسيدگي به شكايات ياد شده و همچنين رفع و دفع برخي از شبهات علاوه بر موارد شكايت تعداد ديگري از صندوقها را مورد بررسي قرار داد و مجموعا 867 صندوق مورد بازشماري قرار گرفت و متأسفانه با برخي از اشكالات و تخلفات شكلي و ماهوي برخورد شد از جمله:
ـ مغايرت تعداد تعرفه‌ها و برگهاي رأي.
ـ وجود آرايي كه داراي مهر نظارت نيستند.
ـ آراء با دو خط.
ـ مغايرت تعداد آراء فرم داخل صندوق با بازشماري مجدد.
ـ فقدان فرم كه بايد داخل صندوق باشد.
ـ پارگي لفاف صندوقها.
ـ نبودن لاك و مهر بر روي برخي از صندوقها.
ـ تخلفات ديگر...
در اين شرايط، شوراي نگهبان در برابر اين امر دشوار قرار گرفته است كه چنانچه بخواهد به همين ترتيب بازشماري را ادامه دهد با توجه به تجربه بازشماري تا اين مرحله: با توجه به موانع و مشكلات ناشي از بررسيهاي صندوقها و طول مدت بازشماري تا اين مرحله بازشماري كامل به مدت طولاني ديگري نياز داد كه شايد در شرايط كنوني امكان اقدام به آن وجود نداشته باشد و علاوه بر اين به مصلحت مردم و مجلس نيز نمي‌باشد و با توجه به نتايج كنوني، شوراي نگهبان نمي‌تواند صحت انتخابات را تأييد نمايد.
با عنايت به آنچه گذشت شوراي نگهبان مصلحت ديد كه موضوع و مسايل مربوط به آن را به استحضار حضرتعالي برساند و از آن مقام معظم تقاضاي راهنمايي كند.
شرح و تفصيل تخلفات مزبور در ضمائم پيوست تقديم مي‌شود.
دبير شوراي نگهبان
احمد جنتي
پاسخ مقام معظم رهبري به نامه آيت‌الله جنتي نيز به اين شرح است
بسم الله الرحمن الرحيم
حضرات اعضاي محترم شوراي نگهبان (دامت توفيقاتهم)
با سلام و تحيت در پاسخ به نامه‌ي آقايان محترم در مورد انتخابات تهران، ابتدائا لازم مي‌دانم از تلاش مسؤولانه‌ي آن شورا در پاسداري از آراء انتخاباتي ملت شريف ايران از دقتي كه در عمل به وظيفه‌ي بزرگ امانتداري، به كار برده‌ايد صميمانه تشكر كنم. بي‌شك خدمات مرارت‌بار و پررنجي از اين قبيل، پاسخ شايسته‌ي مسؤولان به اين ملت بزرگ و وظيفه شناس و لازمه‌ي شكرگزاري نعمت نظام اسلامي در برابر خداوند متعال است.
اينجانب پس از قدرداني و تشكر از تلاشهاي آقايان محترم و ديگر دست‌اندركاران انتخابات، نكات زير را اعلام مي‌دارم: 1 ـ صندوقهايي كه مخدوش بودن آن از نظر شوراي نگهبان به اثبات رسيده است و با معيارهاي آن شورا قابل تأييد نيست بايد ابطال گردد.
2 ـ به نظر مي‌رسد كه بازشماري بقيه صندوقها كه طبق آنچه در نامه‌ي خود مرقوم داشته‌ايد جز در مدتي طولاني ناممكن و بر خلاف مصلحت است، وظيفه‌اي شرعي و قانوني را متوجه آن شورا نمي‌سازد زيرا وجود تخلف در آنها محرز نيست.
3 ـ وضعيت منتخبان تهران با توجه به كليه صندوقها بجز آنچه دربند 1 آمده است ملاحظه و نتايج آن به عنوان نتايج قطعي انتخابات تهران اعلام شود.
4 ـ دستگاه قضايي و بازرسي موظفند عاملان تخلف در صندوقهاي مخدوش را شناسايي و تحت تعقيب قانوني قرار دهند
در پايان از خداوند متعال توفيق و كمك به آقايان محترم و همه‌ي خدمتگزاران به كشور و نظام مقدس اسلامي را مسألت مي‌كنم
سيد علي خامنه‌اي
29/2/79