در پى در گذشت عالم فرزانه و روحانى عالى قدر، حجت الاسلام والمسلمين حاج شيخ محمدتقى فلسفى، از سوى حضرت آيت الله خامنه اى رهبر معظم انقلاب اسلامى پيام تسليتى خطاب به آيت الله آقاى حاج ميرزا على آقا فلسفى صادر شد.
متن اين پيام به شرح زير است:
بسم الله الرحمن الرحيم
آيت الله آقاى حاج ميرزا على آقا فلسفى (دامت بركاته)
ضايعه درگذشت اخوى معظم و مكرم حضرت عالى، مرحوم حجت الاسلام والمسلمين آقاى حاج شيخ محمد تقى فلسفى رحمه الله عليه را به آن جناب و ساير بازماندگان آن مرحوم تسليت عرض مى كنم و سلامت و عافيت و دوام بركات وجود شريف را از خداوند متعال مسئلت مى نمايم.آن مرحوم يگانه زمان در وعظ و تبليغ منبرى و داراى حق عظيمى بر اصحاب اين حرفه مقدس بودند و خدمات بزرگ ايشان در راه تبليغ دين فراموش ناشدنى است.
رحمت و مغفرت الهى بر ايشان و "جزاه الله عن الاسلام و اهله خير الجزاء"
والسلام عليكم و رحمه الله
سيد على خامنه اى
27/9/77