در پی ارتحال عالم ربانی، حضرت آیت الله بهجت - رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیام تسلیتی، درگذشت آن فقیه عالیقدر و عارف روشن ضمیر را ضایعه ای جبران ناپذیر خواندند و این مصیبت سنگین را به حضرت بقیه الله ارواحنا فداه، علمای اعلام، مراجع عظام، خاندان مکرم و همه ارادتمندان آن بزرگوار تسلیت گفتند. متن پیام به این شرح است:

بسم الله الرحمن الرحیم
انا لله و انا الیه راجعون
با دریغ و افسوس فراوان خبر یافتیم که عالم ربانی، فقیه عالیقدر و عارف روشن ضمیر حضرت آیت الله آقای حاج شیخ محمدتقی بهجت «قدس الله نفسه الزکیه» دار فانی را وداع گفته و به جوار رحمت حق پیوسته است.
برای اینجانب و همه ی ارادتمندان آن مرد بزرگ، این مصیبتی سنگین و ضایعه ای جبران ناپذیر است: ثلم فی الاسلام ثلمه لا یسدها شیء. آن بزرگوار که از برجستگان مراجع تقلید معاصر به شمار می رفتند، معلم بزرگ اخلاق و عرفان و سرچشمه فیوضات معنوی بی پایان نیز بودند. دل نورانی و مصفای آن پارسای پرهیزگار، آیینه ی روشن و صیقل یافته ی الهام الهی، و کلام معطر او راهنمای اندیشه و عمل رهجویان و سالکان بود.
اینجانب تسلیت صمیمانه ی خود را به پیشگاه حضرت بقیه الله ارواحنا فداه تقدیم می دارم و به حضرات علمای اعلام و مراجع عظام و شاگردان و ارادتمندان و مستفیضان از نَفَس گرم او و بویژه به خاندان مکرّم و آقازادگان ارجمند ایشان تسلیت عرض می کنم و برای خود و دیگر داغداران از خداوند متعال درخواست تسلا و برای روح مطهر آن بزرگوار طلب رحمت و مغفرت می کنم.

والسلام علیه و رحمه الله
سیدعلی خامنه ای
27/اردیبهشت/1388
22/جمادی الاول/1430