حضرت آيت الله خامنه اي رهبر معظم انقلاب اسلامي در پيامي درگذشت علّامه‌ي بزرگوار مرحوم آقاي دكتر سيد جعفر شهيدي را تسليت گفتند.
متن پيام به اين شرح است:
بسم الله الرحمن الرحيم
درگذشت علّامه‌ي بزرگوار مرحوم آقاي دكتر سيد جعفر شهيدي رحمة الله عليه را به خاندان گرامي و بازماندگان و به شاگردان و ارادتمندان ايشان و به جامعه‌ي علمي و دانشگاهي كشور تسليت ميگويم.
ايشان اديبي فرزانه و مورخي ژرف نگر و انساني والا و با كرامت و در شمار مفاخر علمي اين زمان بودند و آثار قلمي با ارزش و ماندگاري از خود به جاي گذاشتند. خداوند متعال اين مرد مؤمن صادق را مشمول رحمت واسعه‌ي خود گرداند و با اجداد طاهرينش محشور فرمايد.
سيّدعلي خامنه اي
25/دي/1386