در پي درگذشت عالم بزرگوار آيت‌الله آقاي حاج شيخ ابوالفضل نجفي خوانساري، پيام تسليتي از سوي مقام معظم رهبري صادر شد.
متن پيام تسليت بدين شرح است:
بسم الله الرحمن الرحيم
در گذشت عالم بزرگوار آيه‌الله آقاي حاج شيخ ابوالفضل نجفي خوانساري را به حوزه‌ي علميه‌ي قم و علماي اعلام و فضلاي محترم آن و نيز به بيت مكرم و آقازادگان معزز ايشان تسليت عرض مي‌كنم. خدمات اين بزرگوار چه پيش از انقلاب كه چهره‌ي بارزي در مجموعه‌ي جامعه‌ي مدرسين به شمار مي‌رفتند و چه پس از انقلاب در سمت امامت جمعه و عضويت مجلس خبرگان از آثار فراموش نشدني اين عالم جليل‌القدر محسوب مي‌گردد. از خداوند متعال غفران و رحمت واسعه براي روح مطهر آن مرحوم و حشر با اولياء الهي مسئلت مي‌كنم.
سيدعلي خامنه‌اي
25/07/1380
متن پيام تسليت بدين شرح است:
بسم الله الرحمن الرحيم
در گذشت عالم بزرگوار آيه‌الله آقاي حاج شيخ ابوالفضل نجفي خوانساري را به حوزه‌ي علميه‌ي قم و علماي اعلام و فضلاي محترم آن و نيز به بيت مكرم و آقازادگان معزز ايشان تسليت عرض مي‌كنم. خدمات اين بزرگوار چه پيش از انقلاب كه چهره‌ي بارزي در مجموعه‌ي جامعه‌ي مدرسين به شمار مي‌رفتند و چه پس از انقلاب در سمت امامت جمعه و عضويت مجلس خبرگان از آثار فراموش نشدني اين عالم جليل‌القدر محسوب مي‌گردد. از خداوند متعال غفران و رحمت واسعه براي روح مطهر آن مرحوم و حشر با اولياء الهي مسئلت مي‌كنم.
سيدعلي خامنه‌اي
25/07/1380